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VAHTS Total RNA-seq (H/M/R) Library Prep Kit for Illumina
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VAHTS Total RNA-seq (H/M/R) Library Prep Kit for Illumina

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NR603-01/02
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VAHTSTM Total RNA-seq (H/M/R) Library Prep Kit for Illumina?

去除核糖體rRNA,適合lncRNA分析

包含Ribo-OffTM rRNA depletion module, 可去除人、小鼠、大鼠、牛、狗、馬、雞、猴、豬、斑馬魚等物種的核糖體RNA

鏈特異性建庫

優化的大片段建庫方案

圖1. Ribo-OffTM模塊去除rRNA原理示意圖。

圖2. 使用Ribo-OffTM模塊去除rRNA總共耗時不超過2小時,其中操作時間僅需10分鐘以內。

圖3. 1 μg universal human reference RNA分別用Oligo dT磁珠純化mRNA或者用Ribo-OffTM模塊去除rRNA后構建文庫,用Hiseq 2500測序。數據與人類基因組數據庫hg19進行比對。可以看到, Ribo-OffTM模塊可以更有效地去除rRNA,并可保留更多的非編碼RNA信息。

VAHTSTM Total RNA-seq (H/M/R) Library Prep Kit for Illumina?適用于起始模板為0.1-1 μg的人、小鼠、 大鼠總RNA的鏈特異性轉錄組文庫構建。與常規mRNA-seq文庫構建不同的是,本試劑盒將rRNA (包括細胞質28S, 18S, 5S rRNA以及線粒體12S, 5.8S rRNA)從總RNA中去除,保留mRNA以及其它非編碼RNA,可用于lncRNA等非編碼RNA的分析。降解的RNA樣本也可用本試劑盒進行文庫構建。 在第二鏈cDNA合成時,摻入dUTP標記第二鏈; PCR前將標記的第二鏈模板用UDG酶消化,使得最終的測序信息都來自于第一鏈cDNA,從而保留了RNA的鏈方向性。測序后的數據分析可確定轉錄本是來自正義還是反義DNA鏈。

所有組分均在-20°C保存。

 

適用范圍

起始模板:0.1–1 μg人、小鼠、大鼠總RNA。

轉錄本信息:

本試劑盒適合于針對mRNA和所有除rRNA以外的非編碼RNA的鏈特異性RNA-seq分析,包括基因表達、單核苷酸變異 (single nucleotide variation),可變剪切/融合基因、目標轉錄組分析等。

未找到相應參數組,請于后臺屬性模板中添加

Q1:FFPE樣本是否可以用該試劑盒建庫?

A1:可以。FFPE樣本中的mRNA會有一定降解,完整度較差,但本試劑盒不是通過Oligo dT抓取mRNA片段,因此適合FFPE樣品的文庫構建。不同程度降解的FFPE樣本(或其他降解RNA樣本)的實驗方案詳見NR603說明書-FFPE樣本或其他降解樣本處理說明(Page 18)。

Q2:文庫擴增最高可以使用多少個循環?

A2:經過大量研發測試,15個循環數為最佳條件,一般不建議更改;如需調整,建議先取1 μl樣品進行Qubit?檢測后酌情再補1-2個循環,最多不超過17個循環。

Q3:LncRNA建庫怎么建?

A3:LncRNA的建庫一般采用去rRNA 的方式,但得到的RNA有三種,mRNA,LncRNA,CircRNA,如果只需要LncRNA的數據,再單獨拿出來分析。同時建庫過程中應注意梯度降溫的程序。

Q4:客戶提取的RNA有基因組DNA污染。用RNA磁珠純化后,RNA降解,但是DNA沒有被去除,后續操作有什么建議?

A4:RNA純化磁珠不能將DNA降解。如果量多的話,可以用DNaseI消化,然后用RNA磁珠純化;如果DNA量少的話,建庫過程中,采用DnaseI降解探針的過程中,可以去除基因組DNA的污染。

Q5:如果文庫濃度過低,可以從哪些角度去尋找原因并如何改進?

A5:以高質量的RNA樣品為模板構建得到的文庫濃度都能達到上機測序要求,如果無法提供合格的RNA樣品,可嘗試使用以下方法彌補:

(1)起始量:提高樣品起始量,最大可做到10 μg;

(2)做幾個重復的樣品,到二鏈合成純化步驟合并在一起,或做到文庫擴增前合并在一起;

(3)做不分選方案:94°C 8 min打斷條件下RNA片段雖然偏小,但是分布會很集中,均一性也較好,有些個性化樣品會出現打斷不均一、某些大小的片段較多,經過PCR更明顯,出現刺峰,這種情況在不分選方案中出現很少。

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貨  號
N411-01/02/03
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