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NR604-VAHTS Universal V6 RNA-seq Library Prep Kit for Illumina
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NR604-VAHTS Universal V6 RNA-seq Library Prep Kit for Illumina

貨  號:
NR604-01/02
價  格:
11800.00
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VAHTS? Universal V6 RNA-seq Library Prep Kit for Illumina

快速轉錄組文庫構建試劑盒

快速:極簡的操作流程,使建庫時間縮短了 2 h

兼容:兼容多種 RNA 富集模塊,隨心搭配

通用:靈活自由的選擇鏈特異或非鏈特異文庫

1.數據質量佳

以1 μg 以及50 ng 的293T 細胞總RNA起始,分別使用Vazyme 的NR604 以及K*、N*、A* 公司的試劑盒構建鏈特異性RNA文庫,質控合格后的文庫使用Illumina Hiseq X 10 平臺進行PE150 測序。

結果顯示: Vazyme 的數據質量在同類產品中處于優勢地位。

2.Mapping率高

 

與其他同類產品相比,Vazyme 在Mapping率上表現更加優秀。

3.基因檢出數多

與其他同類產品相比,Vazyme 在基因檢出數上表現更加豐富。

4.文庫均一性好

本產品構建的文庫數據分布均勻,沒有5’或3’偏好性,并且與市面上同類產品高度一致。

VAHTS? Universal V6 RNA-seq Library Prep Kit for Illumina是針對Illumina高通量測序平臺定向開發的轉錄組文庫構建專用試劑盒。試劑盒包含兩種類型的cDNA二鏈合成Buffer,可根據需要選擇進行普通轉錄組或鏈特異轉錄組建庫。

試劑盒將二鏈合成、末端修復和dA-Tailing合并為一步,中間不需要純化步驟,極大的簡化了操作流程,縮短了建庫時間。優化的反應體系,提高了文庫轉化效率,能兼容更低起始投入量,對不同起始量的RNA都有均一的覆蓋度。

本試劑盒利用磁珠分選的方式,可以快速獲得特定長度的文庫,能夠滿足不同實驗的個性化需求。試劑盒包含的所有酶和緩沖液都經過了嚴格的質量控制和功能驗證,最大程度上保證了文庫構建的穩定性和重復性。

-30°C~-15°C保存

未找到相應參數組,請于后臺屬性模板中添加

1.如果文庫濃度過低,可以從哪些角度去尋找原因并如何改進?

以高質量的RNA樣品為模板構建得到的文庫濃度都能達到上機測序要求,如果無法提供合格的RNA樣品,可嘗試使用以下方法彌補:

①起始量:提高樣品起始量;

②做幾個重復的樣品,到片段化步驟合并在一起,或做到PCR前合并在一起;

③做不分選方案:94℃ 8 min打斷條件下RNA片段雖然偏小,但是分布會很集中,均一性也較好,有些個性化樣品會出現打斷不均一、某些大小的片段較多等問題,經過PCR后更明顯,出現刺峰,這種情況在不分選方案中出現很少。

2.rRNA殘留較高的問題

注意mRNA獲取方法的不同,其兼容的起始量有所不同,請選擇規格范圍內的起始總RNA投入。

①Poly(A)法富集法,例如VAHTS? mRNA Capture Beads (Vazyme #N401)兼容起始量為0.05 -4 μg;

②使用Ribo-off? rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat) (Vazyme #N406)去除rRNA兼容的起始量為0.05 - 1 μg;

③使用Ribo-off? rRNA Depletion Kit (Bactria) (Vazyme #N407)去除rRNA兼容的起始量為1 - 5 μg;

④使用Ribo-off? rRNA Depletion Kit (Plant) (Vazyme #N409)去除rRNA兼容的起始量為1 - 5 μg。

3.文庫定量常見問題

文庫定量有兩種方式:Qubit和qPCR分別測定文庫質量濃度和文庫摩爾濃度。其中由于qPCR利用成簇反應引物進行擴增定量,較為真實的反映出文庫中可用于上機測序的DNA片段的數量,所以qPCR得到的文庫定量結果較為可信,但在qPCR過程單鏈能夠被有效測定,而在Qubit測定時,單鏈部分不計入有效濃度,因此表現為Qubit測定濃度低于qPCR定量濃度約10% - 50%。一般可同時使用兩種方式定量文庫,相互校正。

4.關于選擇接頭的說明

目前,該試劑盒適用接頭分為三套組合:

組合一:VAHTS? RNA Adapters set 1/2 for Illumina (Adapter 1 - 27, Vazyme #N803 、Vazyme#N804)共包括24個不同接頭,分為兩個單獨包裝,依序號各含有12個不同接頭;

組合二:VAHTS? RNA Adapters set 3 - set 6 for Illumina (Adapter 1 - 96, Vazyme #N809、Vazyme #N810、Vazyme #N811、Vazyme #N812)共包括96個不同接頭,分為四個單獨包裝,依序號各含有24個不同接頭;

以上兩套接頭可在同批測序樣品中混合使用,可參考以下建議:

◇同批測序樣品數< 24時,建議選擇組合一;當樣品數< 12時,可選擇該組合的單獨包裝;

◇24 <同批測序樣品數< 96時,建議選擇組合二;也可根據具體樣品數選擇該組合的單獨包裝。

組合三:VAHTS? RNA Multiplex Oligos set 1/2 for Illumina (Vazyme #N323、Vazyme #N324)分別包含含VAHTS RNA Adapter-S for Illumina、8種VAHTS i5 PCR Primers以及12種VAHTS i7 PCR Primers,共同配合使用可用于構建多至384種不同組合的雙端Index標記文庫。

5.本試劑盒是否適合用于Small RNA文庫制備?

不適用。因為Small RNA的長度僅為22 nt左右,而本試劑盒中磁珠抓取片段最低為100 bp以上,無法有效富集到Small RNA片段。

6.FFPE樣本是否可以用該試劑盒建庫?

FFPE樣本中的mRNA會有一定降解,完整度較差,建議與Ribo-off? rRNA Depletion Kit(Human/Mouse/Rat) (Vazyme #N406)試劑盒搭配使用,進行文庫構建。

7.使用說明書方案進行分選,分選插入片段偏大,為什么?

使用磁珠分選過程中,磁珠未平衡至室溫、未混勻、移液器不準、槍頭掛壁嚴重等均會致使磁珠加入量少于規定值,導致所分選的插入片段偏大。

8.文庫擴增最高可以使用多少循環?

可根據起始量來調整循環數;如果不確定,建議取1 μl進行Qubit檢測后酌情再補1 - 2個循環,最多不超過17個循環。

9.文庫進行Agilent 2100 Bioanalyzer質檢,發現產生雙峰,產生的原因?

①RNA有雜質殘留,建庫過程中發生降解,到PCR步驟前的有效模板量低,PCR時由于模板不足發生了非特異性擴增。建議將RNA樣品在65℃條件下加熱15 min,檢測是否降解,如果確實為RNA的問題則需要重新提取RNA。

②物種本身比較特殊,RNA打斷后片段不是連續且均一的分布,做分選方案時可能分選到了兩個范圍的片段。

③文庫濃度較高時使用高敏芯片檢測。建議使用Agilent DNA 1000 kit檢測,或將文庫稀釋到適當的濃度后用Agilent DNA HS kit檢測。

10.關于在進行Agilent 2100 Bioanalyzer、Qubit及qPCR檢測時,高產量文庫出現過度擴增的解釋。

高產量文庫通常會出現不同程度的過度擴增現象。因為在文庫擴增后期,通常引物被最先耗盡,大量文庫片段在無法結合到引物的情況下,片段之間通過不完全匹配關系退火結合,從而形成部分雙鏈+部分單鏈的雜合鏈,且片段更大。根據不同檢測方式的對應原理,過度擴增產物在Agilent 2100 Bioanalyzer峰型中表現為upper marker之后有輕微翹尾;但以上現象均屬正常,不影響文庫測序和數據分析。

 

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